O crescimento demográfico associado ao aumento da demanda da água e consequente pressão sobre reservatórios naturais, particularmente os rios, é um problema global. O estuário do Rio Incomáti em Moçambique, tem particular importância ecológica e socioeconómica. A alteração do caudal do rio pode afectar o ecossistema estuarino, não obstante, o conhecimento do impacto da mudança do caudal é limitado. Este trabalho tem como objectivo avaliar a informação disponível para estimar o caudal ambiental para o estuário do Rio Incomáti usando o método holístico. Os dados disponíveis incluem resultados de estudos de: (1) hidrologia e hidráulica, particularmente caudais, e níveis do rio e marés; (2) ecologia, zooplâncton, fitoplâncton, e ocorrência de peixes a pássaros; (3) qualidade da água, salinidade no rio e nas terras húmidas; e (4) serviços ecossistémicos, realizados nas épocas húmida e seca. A informação obtida na ARA-Sul, sobre os caudais, e níveis da água no rio, remota períodos antes de 1950, para algumas estações. O modelo de intrusão salina mostra que, esta é afectada consideravelmente pelo caudal do rio, para caudais abaixo de 150 m³/s. Os dados ecológicos e de serviços ecossistémicos disponíveis, mostram a dependência considerável da salinidade na região do estuário. As comunidades dependem da agricultura e pesca, e em entrevistas, apurou-se que estas actividades são afectadas pela salinidade. Pode se concluir que o funcionamento do ecossistema estuarino depende da salinidade que é afectada pela redução do caudal do rio. O caudal ambiental deve ser estimado para controlar a intrusão salina sem menosprezar outros aspectos como o transporte de sedimentos cuja informação ainda não está disponível.