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Os Enterovirus são vírus RNA que pertencem ao reino Riboviria, ordem Piconavirales, família Picornaviridae e género Enterovirus e actualmente compreendem 15 espécies. Estes VIRUS são de transmissão predominantemente entérica e estão presentes em todo o mundo sendo um dos agentes mais prevalentes entre os causadores de doenças em seres humano. O presente trabalho tem como principal objectivo determinar a frequência de Enterovirus não-pólio em crianças com diarreia aguda referenciadas no programa de Vigilância Nacional de Diarreias Agudas.Para o efeito fez-se um estudo transversal retrospectivo com recurso a dados colectados no período de Maio de 2014à maio de 2018, nas províncias de Maputo (Hospital Central de Maputo), Nampula (Hospital Central de Nampula) e Zambézia (Hospital Provincial de Quelimane). Foram analisadas 220 amostras de fezes,de pacientes atendidos nos hospitais acima referenciados, para pesquisa de Enterovirus não-pólio usando a técnica de One step PCR. Os dados foram analisados com recurso ao programa estatístico SPSS versão 20. Os resultados deste trabalho indicam que a frequência de infecção dos pacientes por Enterovirus não-pólio, foi de14.5% (32/220). A maior frequência 59.4% (19/32) de infecção por Enterovirus não-pólio foi observado nos indivíduos do sexo masculino em relação aos do sexo femino com 41.6% (13/32). As crianças que se encontram no intervalo compreendido entre os 0-11 meses de idade apresentaram maior frequência 37.5% (12/32) de positividade. Os sintomas, mais frequentes nos indivíduos com Enterovirus foram febres e vómitos, com uma frequência 53.1% (17/32) e 59.4% (19/32) respetivamente. 53.1% (17/32) dos casos de infeção foram observados no Hospital Provincial de Quelimane.Recomenda-se a realização de um estudo de base comunitário para melhor caracterização da Frequência de Enterovírus não-pólio em crianças com diarreia aguda. Para alem disso requer-se desenvolver estudos prospectivos de frequência de Enterovírus não-pólio em crianças com diarreia aguda para melhor conhecimento das infecções causadas por estes vírus.